Ghannouchi ha risposto alla chiamata del leader di al Qaeda Zawahri il 10 giugno per il rovesciamento del governo di Ennahda, asserendo che “non riscontriamo una qualsiasi tipo di influenza si Zawahri in Tunisia; il movimento salafita tunisino non ha collegamenti con al Qaeda ma rappresenta un fenomeno nazionale”.
Al Zawahri ha attaccato il governo tunisino e ha fomentato le masse per una rimozione dello stesso dopo il distacco del governo dal riconoscimento della “Sharia” come fonte della legislazione. Ghannouchi ha affermato “il progetto di Al Qaeda è un progetto che non costruisce, è un problema di demolizione e di guerra civile”.